La combinación de la medicina con la filosofía no es cosa de la antigüedad, está plenamente vigente con las llamadas medicinas alternativas o complementarias como la medicina espagírica, basadas precisamente en las teorías de Paracelso. Si los seguidores de Galeno combinaban en la triaca, más de 50 sustancias y necesitaban hasta 12 años de maduración, los de Paracelso se afanaban en cambio en buscar la esencia de la sustancia medicamentosa. Esta forma de pensar no la obtuvo Paracelso por generación espontánea sino que otros le precedieron. De hecho los medicamentos compuestos de la farmacia galénica se solían obtener de plantas o medicamentos simples que demostraban actividad farmacológica. Estos principios activos se solían extraer utilizando agua ya fuese por inmersión (maceración), hirviendolas (cocción) o añadiendoles agua hirviendo (infusión). 
Aunque la destilación o “arte separatoria” llegó a ser importante, su eficacia no se consumó hasta el siglo XIV coincidiendo con el desarrollo de la industria del vidrio y la profusión del uso de alcohol. Se le atribuye al catalán Johannes de Rupescissa (1300-1365) el iniciador de tales técnicas con su libro “Consideraciones sobre la Quintaescencia” pero el gran desarrollo surgió con el alquimista alemán H. Brunshwig (1450-1512) y su obra el “Liber de arte destillandi de simplicibus” en donde describe sistemáticamente los aceite esenciales, su destilación y extracción de las plantas que lo producen, y de indicaciones sobre sus aplicaciones farmacológicas. Esta fue la situación que se encontró Paraceslo (1493-1541) y sus seguidores iniciadores de la iatroquímica o química médica que representó la transición entre la alquimia y la química. Libavius (1550-1616) alumno de Paracelso escribe Alchemia (1593) al que se considera el primer texto de química. Libavius define al alquimia como “El arte de perfeccionar los precipitados y extraer esencias puras de los cuerpos mezclados por medio de la separación de la materia”.
La destilación pretende la separación de unos líquidos de otros en base a sus diferente puntos de ebullición y se le atribuye a un alquimista florentino del siglo XII Tadeo Andreotti (1210-1295). La destilación es a día de hoy una técnica tremendamente importante tanto a escala de laboratorio como industrial. El siglo de oro español, con Felipe II como rey, contribuyó en gran medida a su desarrollo disponiendo el monasterio de San Lorenzo del Escorial del laboratorio de destilación más importante de la Europa renacentista.
La leyenda negra sobre el catolicismo exacerbado de Felipe II ha dejado de lado su especial relación con la alquimia, la destilación y el paracelsismo. Esta demostrado que entre 1557 y 1559, durante su estancia en los Países Bajos la secta de los Charitatis trabajaron a su servicio en los ensayos alquímicos, construyéndose los “hornillos” necesarios. La práctica regular de las destilaciones se efectuó tempranamente en los jardines de Aranjuez y José de Sigüenza narra en la Historia de la Orden de San Jerónimo (1605) como el laboratorio de destilación fue construido por iniciativa personal de Felipe II, hablando con admiración de sus 11 habitaciones, “con que se hacen mil pruebas de la naturaleza y que con la fuerza del arte del fuego y otros medios e instrumentos descubren sus entrañas y secretos” utilizando toda la experiencia medieval de los monjes sobre plantas medicinales y de otra índole. Está descrito por ejemplo cómo se utilizaban el betún para calafatear los canalillos de la construcción del Monasterio del Escorial. El médico Juan Alonso de Almela describió los tres principales aparatos. El primero que disponía de 26 vasos de vidrio estaba diseñado para obtener la quintaescencia. El segundo o torre filosofal era el principal instrumento para destilar aguas de toda clases. En 24 horas se extraía más de 200 libras de aguas destiladas de las hierbas que se colocaban en ellas. El tercer aparato era el más importante, ideado por Diego de Santiago (1537-1590) que fue la personalidad científica más destacada que publicó hacia 1588 su “Arte separatoria y modo de apartar todos los licores, que se sacan por vía de destilación para que las medicinas obren con mayor virtud y presteza” en el que describía, entre otros, un destilatorio de vapor de su invención que conseguía destilar hasta 90 libras por hora. El aparato consistía en una caja compartimentada en la que se colocaban los vasos de vidrio y por la que circulaba el vapor de agua. Ya recomendaba entonces que los vasos debían ser de vidrio y boca ancha y de fondo no redondo para evitar los precipitados. Se tendría que esperar a 1861 a que Richard Emil Erlemeyer (1825-1909) inventase uno de los instrumentos más utilizados en el laboratorio el matraz Erlenmeyer.
